Vocales diferentes: la e y la i

Cada vez que escribo palabras como paragüero o guitarra me pregunto por qué las vocales e/i son diferentes a las demás.
Cuando aprendemos a leer y escribir, nos explican el concepto de vocales fuertes o abiertas (a/e/o) y vocales débiles o cerradas (i/u) y que si juntamos dos vocales débiles o una fuerte y una débil tenemos un diptongo pero que, a veces, ese diptongo se rompe y se convierte en un hiato que gráficamente se representa con una tilde sobre la vocal débil. Pero nadie me explicó por qué con algunos sonidos la e y la i se comportan de manera diferente al resto de las vocales:
     ca ce ci co cu y para arreglarlo hay que poner ca que qui co cu
     ga ge gi go gu y lo arreglamos así: ga gue gui go gu o así gua güe güi go gu
     y el sonido z podemos escribirlo de dos formas diferentes con la e y la i: za ze/ce zi/ci zo zu

Es esa forma particular de comportarse la que hace que en ocasiones tengamos que colocar una diéresis sobre la u para indicar que se debe pronunciar pero no sé ni he podido encontrar el porqué. En francés, también, la e y la i se portan diferente al resto de las vocales:
     en el caso de la g: ga gue gui go gu para obtener un sonido g (de “gato”)
     y con la c, con la a/o/u hay que poner cedilla ç para que suene igual que con la e y la i.

Eso me hace suponer que la diferencia pudiera venir del latín pero mi nivel de latín nunca fue suficiente para tales sutilezas.

Más información:
http://gramatica.celeberrima.com/cuales-son-las-vocales-fuertes-o-abiertas-y-las-vocales-debiles-o-cerradas/